Ik analyseer je bulk rnaseq data met publicatieklare figuren

Sommige informatie is automatisch vertaald.

Verenigd Koninkrijk

Ik spreek Turks, Engels, Duits, Spaans

Bioinformatica specialist Data Scientist

PhD bioinformatica specialist met 8 jaar ervaring in het leveren van genomische analyse en geautomatiseerde pipelines voor klinische diagnostiek en academisch onderzoek. Ik help onderzoekers en biotec...

Lees meer

Over deze dienst

Worstel je met RNA-seq analyse? Ik zet je ruwe sequencing data om in resultaten die klaar zijn voor publicatie.

WAT JE KRIJGT:

Kwaliteitscontrole rapporten (FastQC, MultiQC)

Differentiële expressie analyse (DESeq2 of edgeR)

Volcano plot met up/down gereguleerde genen

PCA plot met sample clustering

Heatmap van de top differentieel uitgedrukte genen

GO/KEGG pathway verrijkingsanalyse

CSV-bestanden met alle statistieken en genenlijsten

Geschreven methodesectie (klaar voor je paper)

WAT IK VAN JOU NODIG HEB:

- FASTQ-bestanden (of SRA-accnummers)

- Informatie over samples (welke samples controle en welke behandeling)

- Organismenaam (ik werk met elke soort met een transcriptome)

Ik gebruik industry-standard tools: Salmon/STAR voor alignering, DESeq2/edgeR voor statistiek, clusterProfiler voor pathway analyse. Alle analyse is volledig reproduceerbaar met gedocumenteerde code.

ERVARING: multi-tissue RNA-seq (hersenen, lever, nieren, testes, vet), tijdreeks experimenten (licht/donker reactie), data met lage tellingen en zeldzame transcripts, klinische variant calling uit RNA-seq, niet-model organismen zonder annotatie.

Vragen? Stuur me een bericht voordat je bestelt. Ik bespreek graag je specifieke wensen en adviseer je over het juiste pakket!

Lees meer