Ik voer RNA-seq differentiële expressie en pathway verrijkingsanalyse uit
Over deze dienst
Ik help studenten en onderzoekers met professionele bioinformatica en transcriptomics data-analyse. Diensten omvatten RNA-seq analyse, differentiële expressie, ondersteuning bij variantanalyse, statistische analyse, PCA, heatmaps, pathway verrijking en visualisaties klaar voor publicatie met behulp van R, Python en Linux command line bioinformatics workflows. Ik werk met verwerkte count matrices en ook met ruwe FASTQ-bestanden voor datasets van klein tot middelgroot formaat. Heldere communicatie, georganiseerde outputs en nauwkeurige resultaten staan centraal in elk project. Neem contact met me op voordat je bestelt om je dataset en projectvereisten te bespreken.
Mijn portfolio
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Met welke soorten datasets werk je?
Ik werk met RNA-seq, transcriptomics, differentiële expressie en kleine tot middelgrote NGS datasets. Ik kan werken met verwerkte count matrices of ruwe FASTQ-bestanden, afhankelijk van het gekozen pakket.
Welke bestanden moet ik aanleveren?
Gelieve te voorzien: FASTQ-bestanden of counts matrix sample metadata/groeplabels experimenteel ontwerp organisme/referentie-informatie (indien beschikbaar)
Heb ik bioinformatica-kennis nodig om te bestellen?
Nee. Ik kan helpen om de workflow, resultaten en visualisaties op een duidelijke en onderzoeksvriendelijke manier uit te leggen.
Kun je grote datasets analyseren?
Voor grotere of zeer complexe datasets neem je het beste contact met me op voordat je bestelt, zodat ik de computationele vereisten kan beoordelen en indien nodig een aangepaste offerte kan geven.
Welke outputs krijg ik?
Afhankelijk van het pakket, ontvang je mogelijk: DEG-tabellen PCA-plots heatmaps volcano plots resultaten van pathway verrijking QC-rapporten figuren klaar voor publicatie samenvattingsrapporten
Welke hulpmiddelen gebruik je?
Veelgebruikte tools zijn onder andere: DESeq2 STAR featureCounts R Python Linux/WSL workflows
Moet ik contact met u opnemen voordat ik een bestelling plaats?
Ja, vooral voor aangepaste workflows, grote datasets, meerdere vergelijkingen of geavanceerde transcriptomics projecten.

