Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik analyseer shotgun metagenomische data
Bioloog Statistische Analyse en Bioinformatica
Ik ben bioloog en onderzoeker met specialisatie in statistische analyse, bioinformatica, microbiologie en microbieel ecologie. Ik werk met R, DADA2, QIIME2, Phyloseq en QGIS om biologische en milieuge...
Over deze dienst
Hulp nodig bij het analyseren van shotgun metagenomische data? Ik kan je helpen met het verwerken, assembleren, analyseren, visualiseren en interpreteren van je metagenomische datasets.
Ik heb praktische ervaring met het analyseren van shotgun metagenomen met behulp van gevestigde bioinformatica-workflows, waaronder MEGAHIT, metaSPAdes, SqueezeMeta en R.
Ik kan helpen met:
Kwaliteitscontrole en preprocessing
Metagenoomassemblage
Taxonomische profiling en gemeenschapsamenstelling
Functionele profiling en annotatie
Abundantie- en vergelijkende analyse
Statistische analyse en differentiële abundantie
Visualisaties van publicatiekwaliteit
Biologische interpretatie
Reproduceerbare analyse-workflows
Ik kies de workflow op basis van je onderzoeksvraag, sequencing data, experimenteel ontwerp en metadata.
Neem contact met me op voordat je bestelt als je niet zeker weet welke package of workflow geschikt is voor jouw dataset.
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke soorten metagenomische data kun je analyseren?
Ik kan werken met shotgun metagenomische datasets voor taxonomische, functionele, abundantie-, statistische en vergelijkende analyses. Neem contact met me op voordat je bestelt, zodat ik je dataset en doelen kan beoordelen.
Kun je ruwe FASTQ-bestanden analyseren?
Ja. Afhankelijk van de package kan ik werken met ruwe FASTQ-bestanden en kwaliteitsbeoordeling, preprocessing, assemblage en downstream metagenomische analyse uitvoeren.
Kun je mijn metagenoom assembleren?
Ja. Ik kan metagenoom assembleren met MEGAHIT of metaSPAdes, afhankelijk van de kenmerken van de dataset en de doelen van de analyse.
Gebruik je SqueezeMeta?
Ja. SqueezeMeta is een van de workflows die ik gebruik voor geïntegreerde metagenomische analyse. Ik kan ook MEGAHIT of metaSPAdes gebruiken voor assemblage en aanvullende tools indien nodig.
Kun je functionele profiling of annotatie uitvoeren?
Ja. Functionele profiling en annotatie kunnen worden inbegrepen, afhankelijk van de dataset, onderzoeksvraag en geselecteerde package. De specifieke workflow en tools worden bepaald op basis van de projectvereisten.
Kun je differentiële abundantie analyseren?
Ja, wanneer het experimentele ontwerp, metadata, samplegrootte en datastructuur een geschikte differentiële abundantie-analyse ondersteunen.
Kun je publicatie-waardige figuren maken?
Ja. Afhankelijk van de package kan ik publicatieklare figuren maken voor taxonomische samenstelling, abundantie, functionele profielen, statistische vergelijkingen en andere relevante metagenomische resultaten.
Kun je me helpen de juiste metagenomische workflow te kiezen?
Ja. Ik kan je onderzoeksvraag, sequencing-informatie, metadata, studieontwerp en beschikbare data beoordelen en een geschikte analyseworkflow aanbevelen.
