Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik voer bioinformatics rnaseq en variant calling analyse uit
Bioinformatics en Data Analyse Specialist, Python, BLAST, ML
Ik ben een Bioinformatics student aan NUST Islamabad met praktische ervaring in sequentieanalyse, eiwitstructuur, fylogenetica en data processing met Python. Ik help onderzoekers, studenten en biotech...
Over deze dienst
Heb je sequencing data en geen tijd om zelf de pipeline op te zetten? Ik neem je ruwe reads en zet ze om in schone, interpreteerbare resultaten die jouw PI of collega’s daadwerkelijk kunnen gebruiken.
Ik ben een Bioinformatics student aan NUST Islamabad met praktische ervaring in long-read sequencing pipelines (PacBio HiFi), variant calling met GATK en Clair3, benchmarking tegen GIAB truth sets, en genomische data-analyse met Python en bash. Ik heb gewerkt in een kanker genomics onderzoekscentrum en weet precies hoe publicatieklare output eruitziet.
Wat ik voor jou kan doen:
Variant calling WGS alignment met minimap2/BWA, variant detectie met GATK HaplotypeCaller of Clair3, VCF filtering en annotatie, benchmarking met hap.py
RNA-seq differentiële expressie tellingsmatrix DESeq2 of edgeR volcano plots, heatmaps, pathway verrijking
Metagenomics / 16S amplicon QIIME2 pipeline, alpha/beta diversiteit, PCoA plots, taxonomische staafdiagrammen
Genomische visualisatie IGV screenshots, coverage plots, publicatieklare figuren op 300 DPI
Wat je me stuurt: FASTQ, BAM, VCF, tellingsmatrices, of een GEO / SRA accession nummer. Ik verwerk Illumina, PacBio en Nanopore data.
Wat je terugkrijgt: Schone outputbestanden, reproduceerbare scripts, volledige methoden en resultaten rapport.
Domein:
Overige
Expertise:
Classificatie
•
clustering
•
Voorspellende analyse
•
Overige
Programmeertaal:
Python
•
R
•
SQL
•
Colab
•
Java
Tools:
Jupyter-notitieboek
•
Overige
Technologie:
Python
•
R
•
Jupyter-notitieboek
•
Pandas
•
RStudio
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Ik weet niet zeker welke analyse ik nodig heb. Kun je me helpen dat uit te zoeken?
A: Absoluut — stuur me een bericht met je datatypes (FASTQ, BAM, tellingsmatrix, etc.) en je onderzoeksvraag. Ik vertel je precies welke package geschikt is en hoe de output eruit zal zien voordat je bestelt.
Welke bestanden moet ik je sturen?
A: FASTQ, BAM, VCF, of tellingsmatrices werken direct. Als je data op NCBI GEO of SRA staat, stuur me dan het accession nummer — ik download het zelf. Voor grote bestanden kunnen we Google Drive of een gedeelde link gebruiken.
Werk je met Illumina, PacBio, en Nanopore data?
A: Ja, op alle drie. Ik heb praktische ervaring met PacBio HiFi long-read data specifiek, en standaard short-read Illumina pipelines voor RNA-seq en WGS.
Zal ik je resultaten kunnen reproduceren?
A: Ja. Elke opdracht bevat volledig gedocumenteerde bash/Python scripts met commentaar, zodat jij of je lab de analyse op elk moment opnieuw kunnen uitvoeren.
Mag ik je figuren gebruiken in mijn paper of scriptie?
A: Ja — alle figuren worden geleverd op 300 DPI in PNG of PDF formaat, publicatieklaar voor elk tijdschrift.
Hoe stuur ik je vertrouwelijke of ongepubliceerde data?
Ik behandel alle klantgegevens strikt vertrouwelijk en deel of bewaar ze niet na levering. Als je een NDA ondertekend wilt hebben, stuur me dan een bericht voordat je bestelt.
