Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik doe moleculaire docking en MD-simulaties voor drug discovery
Ali Hamza
Over deze dienst
Automatische vertaling
Ben je op zoek naar manieren om je drug discovery-proces te versnellen of diepgaande structurele inzichten te krijgen in eiwit-ligand interacties?
Ik bied hoogprecisie computational chemistry en moleculaire modellering services op maat voor onderzoekers, academici en pharma-startups. Met gevalideerde workflows in structure-based (SBDD) en ligand-based (LBDD) drugontwerp lever ik reproduceerbare, publicatieklare resultaten.
Mijn technische diensten omvatten:
- Moleculaire docking: Actieve site mapping en binding affinity evaluatie met AutoDock Vina en Material Studio.
- Virtueel screening: High-throughput screening van grote ligand- of kleine-molecuul bibliotheken.
- Quantum chemische optimalisatie: Geometrische optimalisatie en elektrostatistische berekeningen met Gaussian.
- ADMET voorspelling: In silico evaluatie van farmacokinetiek en drug-likeness (Lipinski’s Rule of 5).
- MD-simulaties: Lange termijn dynamisch volgen van structurele stabiliteit, RMSD, RMSF en waterstofbrug analyse.
- Visualisatie: Hoogwaardige 3D-afbeeldingen gerenderd via PyMOL.
Wat je ontvangt:
- Alle ruwe data bestanden (.pdb, .pdbqt, .sdf, .mol2 en log/traject tracking).
- Ultra-hoge resolutie, publicatiekwaliteit structurele graphics.
- Een uitgebreid rapport
Maak kennis met Ali Hamza
Ali Hamza
Molecular Docking ,Drug Discovery and Molecular Simulations Expert
- Afkomstig uitPakistan
- Lid sindsjun 2026
Talen
Engels
Computational Chemist (SBDD), (LBDD), and molecular dynamics (MD) simulations.
I help researchers, pharma startups, and academics accelerate their drug discovery pipelines by providing high-precision in silico screening and structural analysis.
Core Expertise:
Molecular Docking: Protein-ligand, protein-protein, and virtual screening of massive compound libraries.
Molecular Dynamics (MD).
ADMET Prediction: In silico evaluation of pharmacokinetics, toxicity, and drug-likeness (Lipinski’s Rule of 5).
Tools:
Docking: AutoDock Vina ,Material Studio , Gaussian
Visualization & Analysis: PyMOL.
Automatische vertaling
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke invoerbestanden of data heb je van mij nodig om het project te starten?
Voor het doelwit eiwit heb ik de PDB ID of een geoptimaliseerd .pdb/.cif bestand nodig. Voor de liganden kun je de chemische namen, SMILES-strings, PubChem CIDs of structuren in .sdf of .mol2 formaten aanleveren. Als de binding site bekend is, deel dan de specifieke actieve site-residuen of grid box-coördinaten.
Welke gespecialiseerde softwaretools en computationele frameworks gebruik je?
Ik gebruik industry-standard tools voor maximale reproduceerbaarheid: AutoDock Vina en Material Studio voor nauwkeurige moleculaire docking en virtual screening; Gaussian voor quantum chemische of DFT ligand optimalisaties; en PyMOL samen met Discovery Studio voor high-resolutie 3D visuele analyse en interactie.
Zijn de ruwe traject- en analysegegevensbestanden inbegrepen bij de levering?
Ja. Naast een uitgebreid schriftelijk analyseverslag met structurele figuren en datagrafieken, lever ik alle ruwe outputs inclusief gedockte poses (.pdbqt / .pdb), geparametreerde topologieën en simulatiegegevens, zodat je de workflow lokaal kunt verifiëren of voortzetten.
Kun je Molecular Dynamics (MD) simulaties uitvoeren op grote complexen of aangepaste systemen?
Ja, ik kan simulaties opzetten voor standaard eiwit-ligand complexen. Voor membraangebonden eiwitten, grote eiwit-eiwit interfaces of lange termijn verzoeken (>50 ns), neem eerst contact op zodat we de structurele parameterisatie en rekenbehoeften goed kunnen inschatten.
Zijn de structurele graphics en datagrafieken geschikt voor onderzoekspublicaties?
Absoluut. De 3D moleculaire visualisatie graphics gemaakt met PyMOL zijn in hoge resolutie en DPI-kwaliteit, geschikt voor peer-reviewed tijdschriftpublicaties, scripties of academische subsidieaanvragen.
