Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik voer docken, virtueel screenen en MD-simulaties uit
Moleculair bioloog, MD-simulaties en moleculaire docking expert
Ik ben een moleculair bioloog gespecialiseerd in structurele bio-informatica en Computer-Aided Drug Design (CADD). Ik bied uitgebreide in silico analyse diensten voor onderzoekers, academische studies...
Over deze dienst
Ik bied in silico structurele analyse en computationeel moleculair modelleren met behulp van standaard bioinformatica pipelines.
Voorbereiding van target-eiwit en validatie van binding pocket
Virtueel screenen op basis van pharmacophore
Moleculaire docking (eiwit-ligand / eiwit-eiwit interacties)
Moleculaire dynamica (MD) simulaties (50ns - 100ns+)
Trajectanalyse (RMSD, RMSF, Rg, SASA, waterstofbruggen)
Binding free energy berekeningen (MM/PBSA)
Ik lever alle ruwe trajectgegevens, verwerkte CSV-bestanden en exacte parameterbestanden (.mdp, .conf) die tijdens de simulaties worden gebruikt. Alle analyses worden uitgevoerd met volledig gedocumenteerde, reproduceerbare pipelines zodat je de resultaten gemakkelijk kunt valideren en repliceren voor je publicaties.
Heb je een aangepaste workflow voor je project nodig? Elk biologisch doel heeft verschillende eisen, dus stuur me een bericht met je specifieke projectdetails voordat je een bestelling plaatst, zodat we de exacte technische parameters en levertijden voor je onderzoek kunnen bespreken.
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke informatie moet ik verstrekken om het project te starten?
Je moet de PDB-code of kristalstructuurbestand (.pdb) van het target-eiwit aanleveren. Voor liganden, graag chemische structuren in SMILES, SDF of PDB formaat.
Wat als mijn target-eiwit geen experimentele kristalstructuur heeft?
Ik kan homologie modellering uitvoeren (met Swiss-Model of vergelijkbare tools) om de 3D-structuur van je eiwit te voorspellen voordat ik begin met docken of MD-simulaties.
Lever je de ruwe trajectbestanden aan?
Ja. Omdat MD-trajectbestanden (.xtc, .trr) vaak erg groot zijn (GBs), lever ik ze via een beveiligde cloudopslaglink. Alle parameterbestanden (.mdp) en topologiebestanden (.top, .itp) worden ook meegeleverd voor volledige reproduceerbaarheid.
Kun je berekeningen uitvoeren voor niet-standaard residues of metaalionen?
Ja. Ik kan niet-standaard residues en metaalbevattende actieve sites (Holo-vormen) verwerken door specifieke topologieën te genereren en DFT-gebaseerde optimalisaties uit te voeren via ORCA waar nodig.
Worden de grafieken en renders in publicatieklare kwaliteit geleverd?
Ja. Ik lever high-resolutie (300-600 DPI) PyMOL renders en publicatieklare grafieken (via Matplotlib/Seaborn). Alle visualisaties voldoen aan de normen van grote wetenschappelijke tijdschriften.
Kun je lange termijn simulaties boven de 200ns uitvoeren?
Ja, ik kan microseconde-simulaties uitvoeren. Omdat deze veel rekenkracht en tijd vereisen, neem eerst contact met me op voor een aangepaste offerte zodat we de planning en resource-allocatie kunnen afstemmen.
