Ik doe moleculaire docking en md-simulatie met GROMACS en AutoDock

Welkom bij professionele diensten voor moleculaire docking & MD-simulatie

Ben je op zoek naar rigoureuze, publicatieklare structurele biologie en computationeel modelleren voor jouw onderzoeksproject? Ik ben gespecialiseerd in protein-ligand moleculaire docking en all-atom moleculaire dynamica (MD) simulaties met industry-standard tools.

Diensten die ik aanbied

• Moleculaire Docking (AutoDock Vina):
• Voorbereiding target-eiwit en ligand (PDB/SDF-formaat, ontbrekende atomen, ladingen).
• Hoge precisie docking, binding affinity analyse en rangschikking.
• 2D en 3D residue interactieprofielen (Waterstofbruggen, hydrofobe contacten).

Moleculaire Dynamica (GROMACS):

• Systeemopzet, solvatatie, neutralisatie van ladingen en forcefieldgeneratie.
• Energieminimalisatie, NVT/NPT-evenwicht, en productie-analyses (tot 100 ns+).
• Trajectanalyse: RMSD, RMSF, straal van gyratie, SASA en Waterstofbrug dynamiek.

Publicatieklare resultaten:

• Hoge resolutie 3D-beeldmateriaal (PyMOL / UCSF Chimera).
• Complete broncode, topologie/MDP-bestanden en ruwe trajectgegevens (.xtc, .tpr, .edr).
• Uitgebreid analytisch samenvattingsrapport.