Ik voer bulk rnaseq analyse uit met differentiële genexpressie, go, pathway analyse

Sommige informatie is automatisch vertaald.
Anasmunir

Italië

Ik spreek Engels, Italiaans

Science adviseur

PhD in Bioengineering. Moleculaire biologie gestudeerd aan de universiteit, gewerkt met nanodeeltjes, daarna weefselkweek en later Organ-on-chip. Nu werk ik als oncologie-onderzoeker in een ziekenhuis...
Lees meer
Over deze dienst

Heb je RNA-seq data en wil je heldere, onderbouwde resultaten?

Ik voer een volledig reproduceerbare bulk RNA-seq pipeline uit in R/Python en lever publicatieklare figuren met een deskundige interpretatierapport, zodat je direct van ruwe data naar je volgende manuscriptsectie kunt gaan.

  • Kwaliteitscontrole & ontwerpcontrole metadata review, replicate validatie, outlier detectie en PCA
  • Differentieel expressie analyse DESeq2 of edgeR met FDR-correctie (BenjaminiHochberg)
  • Publicatieklare figuren volcano, MA, PCA, gegroepeerde heatmap, pathway dot/bubble plots
  • Functionele verrijking GO (BP/MF/CC) ± KEGG/Reactome via g:Profiler of clusterProfiler
  • Georganiseerde gegevens tabellen genormaliseerde counts, variantie-gestabiliseerde waarden en DEG-tabellen (CSV/XLSX)
  • Gedetailleerd rapport HTML of PDF met volledige methoden, parameters en uitleg in eenvoudige taal


Wat ik van jou nodig heb:

Optie A: FASTQ-bestanden + samplesheet

Optie B: Raw count matrix (genen × samples) + samplesheet

Mens, muis, rat of een andere soort, laat het me weten.


Let op:

De resultaten zijn uitsluitend voor onderzoeksdoeleinden, er worden geen klinische of diagnostische claims gemaakt. Alle data wordt vertrouwelijk behandeld en niet gedeeld met derden.

Lees meer
do bulk rnaseq analysis with differential gene expression, go, pathway analysis
Volledig scherm
do bulk rnaseq analysis with differential gene expression, go, pathway analysis
Volledig scherm
do bulk rnaseq analysis with differential gene expression, go, pathway analysisdo bulk rnaseq analysis with differential gene expression, go, pathway analysis

Technologie:

Jupyter-notitieboek

•

RStudio

Type analyse:

Kwantitatieve analyse

•

Kwalitatieve analyse

+2 meer

Expertise:

Overige

Programmeertaal:

Python

•

R

Gerelateerde tags