Ik voer amber moleculaire dynamica simulaties uit met volledige trajectanalyse

Over deze dienst

Werk je aan een eiwit-ligand systeem en heb je betrouwbare, goed geanalyseerde moleculaire dynamica simulaties nodig voor je onderzoek of publicatie? Ik bied end-to-end AMBER MD simulatieservices, van systeemvoorbereiding tot publicatieklare figuren, met dezelfde pipeline die wordt gebruikt in peer-reviewed onderzoek naar computationele geneesmiddelenontwikkeling.

Ik ben een onderzoeker in computationele biologie met praktische ervaring in AMBER/AmberTools, cpptraj en Python-gebaseerde analyseworkflows. Mijn werk heeft direct bijgedragen aan manuscripten die zijn ingediend bij peer-reviewed tijdschriften in computationele farmacologie.

Wat ik lever

Systeemopzet

Voorbereiding van eiwitstructuur en protonatietoestand toewijzing

Ligandparameterisatie met antechamber

Solvatatie (TIP3P of OPC waterbox), toevoegen van tegenionen

Forcefield toewijzing: ff19SB (eiwit), GAFF2 (klein molecuul)

Minimalisatie, verwarming en NPT/NVT-precisie

Productie MD-run

10, 50 of 100 ns productie trajecten (afhankelijk van pakket)

Volledige .mdcrd trajectbestanden geleverd

Trajectanalyse (Standaard & Premium)

Volledige figuren klaar voor publicatie

Waarom met mij werken?

Eigen amber-ervaring, geen cloud wrapper of online tool.