Ik analyseer ngs fastq data met fastqc en lever een kwaliteitscontrole rapport

Welkom bij mijn dienst

Ik analyseer professioneel je NGS sequencing data (FASTQ-bestanden) en lever een duidelijk, makkelijk te begrijpen kwaliteitscontrole rapport met behulp van FastQC.

Deze service helpt je te begrijpen of je sequencing data goed genoeg is voor downstream analyse zoals RNA-seq, variant calling of genome studies.

Wat ik zal doen?

• Algemene sequentie kwaliteit
• Verdeling van kwaliteitsscores per sequentie
• GC-content analyse
• Duplicatieniveaus van sequenties
• Controle op adaptercontaminatie
• Verdeling van leeslengte
• Identificatie van waarschuwingen en mislukte modules

Alle resultaten worden duidelijk uitgelegd, zelfs als je geen bioinformaticus bent.

Tools die ik gebruik

• FastQC
• Linux (Ubuntu omgeving)
• Command-line gebaseerd professioneel workflow

Wat je ontvangt

Je krijgt:

• FastQC HTML rapport
• kwaliteitsgrafieken (zoals per-sequentie kwaliteitsscore grafiek)
• Eenvoudige uitleg van PASS / WARN / FAIL
• Duidelijke aanbeveling (Is je data bruikbaar of niet?)

Indien nodig, begeleid ik je ook bij volgende stappen (trimming, filtering of analyse).

Ondersteunde datatypes

• RNA-seq
• DNA-seq
• WGS / WES
• Illumina FASTQ bestanden
• Single-end of Paired-end data

Waarom voor mij kiezen

• Bioinformatics achtergrond
• Reële onderzoekservaring
• Schoon en eerlijk rapport
• Snelle levering