Ik voer een volledige populatiegenetische analyse uit op basis van vcf-data

Sommige informatie is automatisch vertaald.

Portugal

Ik spreek Portugees, Engels

Ik ben een bioinformatica onderzoeker die momenteel een PhD volgt met een focus op functionele en populatiegenetica. Mijn werk omvat genomische data-analyse, scripting en statistische methoden, met to...

Lees meer

Over deze dienst

Ik voer een volledige populatiegenetische analyse uit op basis van VCF-data, met behulp van robuuste en reproduceerbare methoden om genetische diversiteit, neutraliteitspatronen en populatiestructuur te karakteriseren.

Standaard analyse omvat:

Basis VCF-statistieken en gegevenscontroles
Waargenomen en verwachte heterozygotie (Ho/He)
Inbeddingcoëfficiënt
Nucleotide diversiteit (π; genome-breed)
Tajimas D (vast, niet-overlappende vensters)

Addon 1: Populatie-niveau

Maakt populatieniveau-analyses mogelijk met behulp van een door de klant aangeleverde sample-naar-populatie mapping file. Bevat populatie-gestratificeerde metrics, PCA (LD-pruned), ADMIXTURE (K=210, 3 herhalingen per K, cross-validatie) en pairwise F_ST (genome-breed).

Addon 2: Sliding Windows

Breidt de analyse uit met genome-brede sliding-window metrics om lokale patronen en outlier-vensters te detecteren. Bevat π in sliding windows (met stapgrootte) en Tajimas D in vaste vensters, met grafieken en tabellen met resultaten.

Bonus: Als beide add-ons worden geselecteerd, wordt pairwise F_ST ook berekend in sliding windows.

Opmerkingen: De VCF moet genotypes van samples bevatten. Populatie-niveau-analyses vereisen een mapping file. Datasetgrootte (varianten, samples, populaties) is beperkt door het gekozen pakket. Outliers worden niet vermeld.

Lees meer