Ik voer chloroplast genome assemblage en vergelijkende analyse uit

Over deze dienst

Ben je op zoek naar een professionele bioinformaticus om je plantgenomics data te verwerken? Ik ben gespecialiseerd in Chloroplast Genome (Plastome) assemblage en uitgebreide Vergelijkende Genomische Analyse. Ik lever resultaten die klaar zijn voor publicatie met hoge resolutie figuren, op maat gemaakt voor SCI-tijdschriften.

Wat ik aanbied in deze dienst:

1. Genome Assemblage & Annotatie

• De novo assemblage: Hoogwaardige circulaire genome assemblage van Illumina, PacBio of Nanopore ruwe reads met behulp van GetOrganelle of NOVOPlasty.
• Nauwkeurige annotatie: Gen voorspelling (CDS, rRNA, tRNA) met GeSeq/PGA en handmatige controle voor precisie.

2. Vergelijkende Genomische Analyse

• IR-grensanalyse: Contractie en expansie van Inverted Repeats (kruisingen).
• Herkenning van repeats: SSRs (Simple Sequence Repeats) en lange repeats analyse.
• Nucleotide diversiteit: Sliding window analyse om sterk divergente regio's te identificeren (Pi).
• Selectiedruk: Berekenen van Ka/Ks-verhoudingen voor eiwitcoderende genen.

3. Fylogenie & Visualisatie

• Fylogenetische bomen: Constructie van Maximum Likelihood (ML) of Bayesian (BI) bomen met IQ-TREE of MrBayes.
• Pro Figuren: Hoogwaardige circulaire kaarten (OGDRAW), syntenie plots en vergelijkende uitlijningsvisuals.