Ik voer moleculaire docking uit, admet analyse voor drug discovery
Bio-informatica, wetenschappelijk schrijven en data-analyse
Over deze dienst
Ik help onderzoekers, studenten en biotech-teams bij het evalueren van protein-ligand interacties en het prioriteren van verbindingen voor vroege fase drug discovery met behulp van moleculaire docking, ADMET voorspellingen en wetenschappelijke interpretatie.
Ik kan helpen met protein- en ligandvoorbereiding, docking-analyse, vergelijking van bindingsaffiniteit, visualisatie van 2D/3D interacties, evaluatie van ADMET en drug-likeness, rangschikking van verbindingen en een duidelijk technisch rapport.
Deze dienst is nuttig voor target-ligand studies, verbindingprioritering, virtueel screening, literatuurondersteunde onderzoeksprojecten en voorlopige drug discovery analyses.
Mijn achtergrond in moleculaire biologie, farmacologie, nanotechnologie en biomedisch onderzoek stelt me in staat meer te bieden dan alleen docking scores. Ik kan helpen met het uitleggen van de biologische relevantie, beperkingen en vervolgstappen.
Neem contact met me op voordat je bestelt, vooral voor meerdere targets, grote verbindingenbibliotheken, molecular dynamics verzoeken of complexe eiwitsystemen.
Technologie:
Excel
•
Google Sheets
•
Jupyter-notitieboek
•
MATLAB
•
Pandas
Expertise:
Statistieken
•
Overige
Programmeertaal:
Python
•
R
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Wat heb je nodig om te beginnen?
Ik heb de naam van het protein target of PDB ID, ligandstructuren of verbindingenamen nodig, en een korte beschrijving van je projectdoel.
Kun je helpen bij het vinden van de structuur van het eiwit?
Ja. Als je geen structuurbestand hebt, kan ik helpen bij het identificeren van een geschikte PDB-structuur zodra die beschikbaar is.
Met welke ligandformaten kun je werken?
Ik kan werken met gangbare ligandformaten zoals SDF, MOL2, PDB, SMILES of verbindingenamen, afhankelijk van het project.
Bied je ADMET-analyse aan?
Ja. Ik kan ADMET-voorspellingen, drug-likeness evaluatie en verbindingprioritering opnemen, afhankelijk van het gekozen pakket.
Voer je molecular dynamics simulaties uit?
Molecular dynamics is niet inbegrepen als standaardpakket. Het vereist een aparte bespreking omdat het afhangt van de complexiteit van het systeem en de beschikbare rekenkracht.
Kan docking bewijzen dat een verbinding werkt?
Nee. Moleculaire docking is een verkennende computationele methode. Het kan helpen bij het prioriteren van verbindingen, maar experimentele validatie is altijd nodig.
Bied je figuren aan voor rapporten of presentaties?
Ja. Ik kan 2D/3D interactiefiguren, rangschikkings tabellen en visuele samenvattingen leveren, afhankelijk van het pakket.
Kun je biologische interpretatie toevoegen?
Ja. Ik kan de biologische relevantie van het target, interacties en verbindingrangschikking uitleggen op basis van beschikbare data en literatuur.
Moet ik contact met u opnemen voordat ik bestel?
Ja. Docking projecten variëren afhankelijk van het eiwit, liganden en doelstellingen, dus het is beter om het project te bespreken voordat je begint.

