Ik analyseer je dna-methylatie en epigenetica data

Ik analyseer epigenetica data: DNA-methylatie (arrays of bisulfiet-/enzymatische sequencing), ChIP-seq en ATAC-seq en zet het om in resultaten die je kunt interpreteren en in een paper kunt verwerken.

Voor methylatie data werk ik met zowel array-gebaseerde data (Illumina 450k/EPIC) als sequencing-gebaseerde data (WGBS, RRBS, EM-seq), omdat de analysemethode aanzienlijk verschilt tussen de twee en ik je vertel welke relevant is voor jouw datatypes. Dit omvat meestal kwaliteitscontrole, normalisatie, differentiële methylatie-analyse tussen groepen en annotatie van significante regio's naar genen of genomische kenmerken.

Voor ChIP-seq en ATAC-seq omvat de workflow het uitlijnen van reads, peak calling en differentiële toegankelijkheid/binding analyse, met visualisatie van signaaltracks en peak-annotatie.

In alle gevallen is de output bedoeld om te interpreteren te zijn: duidelijke grafieken, een samenvatting van wat de significante regio's of peaks biologisch daadwerkelijk betekenen, en voldoende documentatie van de methode zodat het direct in een methodesectie kan worden opgenomen.

Stuur me een bericht met je datatypes en studieontwerp voordat je bestelt, zodat ik de scope kan bevestigen en je een nauwkeurige offerte kan geven.