Ik ga machine learning, docking en moleculaire dynamica doen

Basis

Machine Learning

Generatie van ligandactiviteitgegevens uit ChEMBL/PubChem

(maximaal 3 bioassays, maximaal 1K liganden)

Traditionele machine learning modellen (Random Forest, logistische regressie, gradient boosting, etc.)

-----------

Standaard

Basis +

ADMET +

Moleculaire docking

Target selectie

Refinement van 3D structuur

AutoDock Vina docking (blind docking)

(max 100 liganden)

Binding scores, gesorteerde lijst

Professionele figuren (top drie hits, docking pose)

------------

Premium

Standaard +

Deep Learning Neural Network +

Binding site voorspelling

Homology Modeling

Site-specifieke Molecular Docking

(max 1000 liganden)

2D eiwit-ligand interacties

Professionele figuren (top drie hits, docking pose, interacties)

+

Moleculaire dynamica simulaties (Gromacs)

Drie complexen, twee replicaties van elk

Max 100K atomen (elk systeem)

Inputgeneratie, minimalisatie, NVT- en NPT- evenwicht, productieruns

RMSD, RMSF, radius of gyration, H-bron, SASA

Binding vrije energie (MM-PBSA/MM-GBSA)

---------

Vraag gerust om meer details voordat je bestelt.