Ik zal eiwitmodellering doen voor docking en dynamiek

Het selecteren en voorbereiden van de 3D-structuur van het doelwit-eiwit is de sleutel tot een succesvol moleculair docking en/of moleculaire dynamica simulatie-experiment.

Ik kan de volgende diensten aanbieden:

1. Doelwit-eiwit(en) selecteren via literatuuronderzoek.
2. De 3D-structuur verfijnen (wanneer een pdb-bestand of PDB-ID wordt aangeleverd)
3. Swiss-Model homology modeling op basis van FASTA-sequentie of UniProt ID
4. Modeller homology modeling
5. I-TASSER voor ab initio modellering

## Experimenteel verkregen 3D-structuren zijn beschikbaar in verschillende databases, zoals

1. RCSB PDB
2. EBI
3. PDBJ
4. PDBSUM

## Computationeel verkregen hoogwaardige structuren zijn ook te vinden op

ALPHAFOLD

## Wanneer 3D-structuren niet beschikbaar zijn in bovenstaande bronnen, kunnen we structuren voorbereiden met homology modeling via swissmodel. Hiervoor hebben we de aminozuurvolgorde (FASTA) van het doelwit-eiwit nodig. Meestal halen we de sequentie uit de UniProt-database. In dat geval moeten we de UniProt ID van het doelwit-eiwit hebben.