Ik voer RNA seq, metagenomics en 16s microbiome bioinformatics analyse uit

Je hebt de FASTQ-bestanden. Wat je nodig hebt, is iemand die ze kan omzetten in resultaten die jouw PI en reviewers accepteren.

Ik analyseer sequencing data voor onderzoekers en biotech-teams, en ik publiceer mijn eigen werk. Mijn microbiome- en neurofarmacologie-onderzoek is verschenen in peer-reviewed tijdschriften, dus ik schrijf resultaten op de manier die reviewers verwachten te lezen.

Wat ik doe:

16S en ITS amplicon: QIIME2 of DADA2, alpha- en beta-diversiteit, taxonomie, differentiële abundantie

Bulk RNA-seq: alignering, DESeq2 of edgeR, GO- en KEGG-verrijking

Shotgun metagenomics: MetaPhlAn, MAG-herstel, functioneel profileren

Single cell: Seurat clustering, marker-genen, UMAP

Varianten: GATK best practices, GWAS

Je ontvangt volcano-diagrammen, heatmaps, PCoA- en UMAP-figuren op 300 DPI, statistieken correct uitgevoerd met multiple testing correction, gedocumenteerde code die je opnieuw kunt uitvoeren, en een methodenparagraaf geschreven voor je manuscript.

Ik werk met FASTQ, BAM, VCF, tellingmatrices, of een GEO- of SRA-accensie, afkomstig van Illumina, Nanopore of PacBio.

Stuur me een bericht met je onderzoeksvraag en aantal monsters, en ik vertel je eerlijk wat je data kunnen ondersteunen voordat je bestelt.