Ik voer moleculaire docking en MD-simulaties uit
Over deze dienst
Als oprichter en CEO van DockDynamics bied ik expert-level moleculaire docking en moleculaire dynamica (MD) simulaties aan om computational drug discovery projecten te ondersteunen. Als je op zoek bent naar een expert in drug design, ben je hier aan het juiste adres. Ik help je met projecten gerelateerd aan drug- en vaccinontwerp. Als professionele bioinformaticus lever ik reproduceerbare, betrouwbare en publicatieklare resultaten.
Tools en bronnen:
Protein-ligand docking (AutoDock Vina, PyRx, MOE)
MD-simulaties (GROMACS/AMBER/NAMD)
Interactie- en stabiliteitsanalyse (RMSD, RMSF, Rg, SASA, PCA, DCCM, MMGBSA)
Energetische berekeningen en visualisaties (PyMOL, Chimera, Discovery Studio, LigPlus)
ADMET- en RO5-analyse (SwissADME, AdmetSAR, ProTox-II)
Inclusief gedetailleerde rapporten, grafieken en reproduceerbare scripts (op aanvraag).
Waarom voor mij kiezen?
1. Snelle levering van opdrachten
2. Revisies
3. 100% tevredenheid van de klant
4. Volledige geld-terug-garantie
5. Betaalbare tarieven
Neem gerust contact op voor maatwerk bij je order.
Mijn portfolio
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke invoerbestanden heb je van mij nodig?
Meestal heb ik jouw protein structuur (PDB-formaat) en ligand(en) nodig in MOL2/SDF/PDBQT-formaat.
Welke software gebruik je?
Ik gebruik AutoDock Vina, PyRx, MOE voor docking, en NAMD, GROMACS (of AMBER op verzoek) voor MD-simulaties. Visualisaties maak ik met PyMOL, Chimera of VMD.
Kun je simulaties uitvoeren voor elk doelwit-eiwit?
Ja, zolang er een geldige 3D-structuur beschikbaar is (PDB of homology model), kan ik docking en MD-simulaties uitvoeren.
Krijg ik een rapport?
Ja, elk simulatiepakket bevat een gedetailleerd PDF-rapport met methoden, resultaten, grafieken (bijvoorbeeld RMSD, RMSF) en binding visuals.
Zijn deze resultaten geschikt voor publicatie of scriptie?
Absoluut, ik lever visuals en data die klaar zijn voor publicatie.
Worden mijn gegevens vertrouwelijk behandeld?
Ja. Jouw data blijft volledig vertrouwelijk, en ik onderteken een geheimhoudingsovereenkomst (NDA) als je dat verlangt.

