Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik analyseer NGS-data en bouw reproduceerbare bioinformatica pipelines
Ik laat data ideeën onthullen
Ik ben een ervaren Machine Learning Engineer met expertise in bio-informatica. Ik specialiseer me in het ontwikkelen en inzetten van modellen op basis van genomische data, en ik ben goed thuis in het ...
Over deze dienst
Heb je betrouwbare analyse nodig van je NGS-sequencing data of een reproduceerbare bioinformatica workflow?
Ik bied end-to-end bioinformatica en NGS data analyse, van ruwe sequencing data tot duidelijke, interpreteerbare resultaten. Ik kan ook herbruikbare en containerized pipelines ontwikkelen voor onderzoekslaboratoria, wetenschappers en biotechprojecten.
NGS analyse omvat:
- Bulk RNA-seq en differentiële genexpressie
- WGS, WES en gerichte DNA-sequencing
- Variant calling, filtering en annotatie
- 16S rRNA en microbiome analyse
- FASTQ, BAM en VCF verwerking
- Kwaliteitscontrole met FastQC en MultiQC
- Statistische analyse en data visualisatie
- Functionele en pathway analyse
Reproduceerbare pipeline ontwikkeling:
- Nextflow of Snakemake workflows
- Ondersteuning voor Docker en Singularity/Apptainer
- Conda/Bioconda omgevingen
- Modulaire en configureerbare pipelines
- HPC/cloud-geschikt workflow ontwerp
- Testen en documentatie
Ik werk met Python, R en Bash en veelgebruikte bioinformatica tools zoals GATK, BWA, STAR, Salmon, DESeq2, Bioconductor en QIIME2.
Je ontvangt gedocumenteerde resultaten, visualisaties, code en een reproduceerbare analyse afgestemd op jouw onderzoeksvraag.
Neem contact met me op voordat je bestelt om je data, studieontwerp en wensen te bespreken.
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke soorten NGS data kun je analyseren?
Ik kan bulk RNA-seq, WGS, WES, gerichte DNA-sequencing en 16S rRNA/microbiome data analyseren. Afhankelijk van je project werk ik met FASTQ, BAM, VCF, count matrices en andere standaard bioinformatica formaten.
Kun je ruwe FASTQ-bestanden van begin tot eind analyseren?
Ja. Ik voer end-to-end NGS analyse uit, inclusief kwaliteitscontrole, preprocessing, alignering of kwantificering, statistische analyse, visualisatie en downstream interpretatie, afhankelijk van het sequencing type en de onderzoeksvraag.
Bied je RNA-seq differentiële expressie analyse aan?
Ja. Bulk RNA-seq analyse kan QC, alignering of transcript kwantificering, tellingen genereren, differentiële expressie met tools zoals DESeq2, PCA, heatmaps, volcano plots en functionele of pathway analyse omvatten.
Kun je WGS en WES data analyseren?
Ja. WGS, WES en gerichte DNA-seq projecten kunnen kwaliteitscontrole van FASTQ, alignering, BAM-verwerking, variant calling, filtering en variantannotatie omvatten. Deze service is bedoeld voor onderzoek en bioinformatica, niet voor medische diagnose.
Kun je een herbruikbare bioinformatica pipeline bouwen?
Ja. Ik ontwikkel reproduceerbare NGS pipelines met Nextflow of Snakemake, met configureerbare inputs, modulaire workflow-stappen, documentatie en afhankelijkheidsbeheer, zodat de analyse opnieuw kan worden uitgevoerd op toekomstige datasets.
Ondersteunen je pipelines Docker en Singularity/Apptainer?
Ja. Pipelines kunnen worden gecontaineriseerd met Docker en geconfigureerd voor Singularity/Apptainer, waardoor ze geschikt zijn voor reproduceerbare uitvoering op lokale systemen, servers en compatibele HPC-omgevingen.
Welke resultaten krijg ik?
Afhankelijk van je project kunnen de opleveringen bestaan uit QC-rapporten, verwerkte data, statistische resultaten, tabellen, figuren, geannoteerde varianten, differentiële expressie resultaten, pathway analyse, scripts, documentatie en pipeline broncode.
