Ik ontwikkel reproduceerbare omics pipelines

Reproduceerbare RNA-Seq, DNA-Seq en Ribo-Seq pipelines

Werk je met RNA-Seq, DNA-Seq of Ribo-Seq data en heb je robuuste, reproduceerbare analyse-workflows nodig?

Ik bouw maatwerk omics pipelines met Snakemake of Nextflow, ontworpen voor schaalbaarheid, duidelijkheid en reproduceerbaarheid.

Mijn pipelines volgen de beste praktijken in bio-informatica en zijn modulair, goed gedocumenteerd en omgeving-gecontroleerd (Conda of virtualenv). Of je nu één sample of een volledige experimentele batch verwerkt, ik help je automatiseren van QC, alignering, kwantificatie en differentiële analyse met flexibiliteit om downstream tools en visualisaties te integreren.

Deze service omvat volledig geautomatiseerde RNA-Seq analyse workflows met tools zoals STAR, HISAT2 en DESeq2 van ruwe FASTQ tot uiteindelijke differentiële expressie en visualisatie.

• Enkel- en multi-sample workflows
• Configureerbare regels en parameters
• Duidelijke outputstructuur en documentatie
• Compatibel met lokale of HPC-uitvoering
• Optionele ML-geschikte outputs en verrijkingshooks

Laten we je omics-analyse stroomlijnen en zorgen dat deze publicatieklaar, reproduceerbaar en toekomstbestendig is.

Neem contact met me op om je project te bespreken voordat je een bestelling plaatst.