Ik voer elke gromacs moleculaire dynamica simulatie en trajectanalyse uit

Sommige informatie is automatisch vertaald.
Jalal Khan

Pakistan

Ik spreek Urdu, Engels

1 bestelling voltooid

Begin aan een reis van creativiteit en precisie met Experts

Ik ben Jalal Khan Utman, een MS Biotechnology onderzoeker (PAF-IAST) die zowel aan de bench werkt: computationele drug discovery (AutoDock Vina, GROMACS met CHARMM36m, PyMOL, Linux/SLURM HPC) als wete...
Lees meer
Over deze dienst

Nodig voor publicatieklare Molecular Dynamics (MD) simulaties in GROMACS? Ik zet biomoleculaire systemen op, voer ze uit en analyseer ze met GPU-versnelde HPC-clusters.


SYSTEMEN DIE BEHANDELD WORDEN:

- Proteïne-ligand complexen (kleine moleculen, natuurlijke verbindingen)

- Apo-proteïnen & Wild-type versus Mutant vergelijkbare stabiliteit

- Proteïne-proteïne en Peptide-receptor complexen

- Membraanproteïnen (lipide bilayer insertie & solvatatie)

- Nanopartikel-biomolecuul interacties


WERKSTROOM & FORCE FIELDS:

- Parameterisatie via CHARMM36m/CGenFF, AMBER/GAFF2 en OPLS-AA

- GPU-versnelde productie-uitvoeringen beheerd via Linux/SLURM omgevingen

- Solvatatie, neutralisatie, minimisatie, NVT/NPT-evenwicht


TRAJECTANALYSE & LEVERINGEN:

- Structurele metrics: RMSD, RMSF, Radius of Gyration (Rg) en SASA

- Interactie-dynamiek: Waterstofbruggen, contactkaarten en PCA

- Leveringen: Coördinaten (.gro/.pdb), schone trajecten (.xtc), ruwe .xvg-bestanden, publicatievectorplots (300 DPI) en methodenverslag.


Stuur me een bericht met je PDB ID, systeemdetails en simulatieperiode voordat je bestelt!


Lees meer
run any gromacs molecular dynamics simulation and trajectory analysis
Volledig scherm
run any gromacs molecular dynamics simulation and trajectory analysis

Technologie:

Overige

Type analyse:

Kwantitatieve analyse

•

Kwalitatieve analyse

+2 meer

Expertise:

Experimentontwerp

•

Algoritmes

•

Monte Carlo-simulatie

Programmeertaal:

Python

•

Overige

Mijn portfolio

Gerelateerde tags