Ik analyseer immunoreceptor tcr bcr sequencing data

Sommige informatie is automatisch vertaald.

Duitsland

Ik spreek Duits, Engels

10 bestellingen voltooid

Eenvoudige oplossingen voor complexe biomedical data

Hoi, ik ben Jonathan Alles. Ik ben een onafhankelijke bioinformatics en data engineering consultant. Via mijn bureau, EVOBYTE Digital Biology, ondersteun ik professionals met biomedical data engineeri...

Niveau 1

Voldoet aan bepaalde prestatiecriteria en toont een sterke potentie op de marktplaats.

Over deze dienst

Heb je ondersteuning nodig bij het analyseren, integreren of interpreteren van immunoreceptor sequencing data, van (single cell) TCR of BCR-seq assays?


Wat ik aanbied:

Bioinformatica Analyse

  • Bioinformatische verwerking van ruwe sequencing data
  • Samenvoegen, filteren, opschonen
  • Metadata annotatie
  • TCR/BCR sequentie uitlijning en kwantificatie
  • Gene gebruik statistieken en vergelijkingen
  • TCR/BCR tracking
  • Clustering van receptoren
  • Integratie met openbare databronnen (bijvoorbeeld VDJ-DB)

Visualisatie & rapportage

  • Jupyter notebook inclusief analysecode
  • Aangepaste PDF- of HTML-rapporten
  • Dashboards voor data query

Pipeline ontwikkeling & automatisering

  • Automatisering en schaalvergroting van analysepijplijnen
  • Database- en cloudintegratie
  • Containerisatie

Data curatie

  • Curatie en samenstellen van data pakketten uit literatuur of openbare repositories


Technische stack

Python / Pandas / scipy / Jupyter / TF / Bash / MiXCR / Python Packages voor TCR/BCR Bioinformatics


Laten we samen bouwen!

Heb je een project in gedachten? Stuur me een bericht om je wensen te bespreken, en ik bied een op maat gemaakt plan en voorstel dat perfect aansluit bij jouw doelen.

Programmeertaal:

Python

Overige

Technologie:

Excel

Jupyter-notitieboek

Type analyse:

Kwantitatieve analyse

Kwalitatieve analyse

Expertise:

Experimentontwerp

Algoritmes

Statistieken

Tools:

Overige

Mijn portfolio

Gerelateerde tags