Ik voer gromacs moleculaire dynamica simulatie uit en analyseer je eiwit

Heb je een moleculaire dynamica simulatie nodig maar blijf je hangen bij de setup, fouten of analyse? Ik ben een biotechnologieonderzoeker met praktische ervaring in GROMACS, en ik neem je eiwit van PDB-bestand tot publicatieklare grafieken.

Wat je krijgt:

• Volledige systeemvoorbereiding (CHARMM36 force field, expliciete TIP3P water, ionenneutralisatie)
• Energieminimalisatie, NVT- en NPT-equalisatie, productie MD
• Trajectorijopschoning (PBC-correctie, fitting)
• Analyse: RMSD, RMSF, radius of gyration, waterstofbruggen, SASA, secundaire structuur en PCA (afhankelijk van pakket)
• Netjes, gelabelde grafieken (PNG, hoge resolutie) plus de ruwe data-bestanden
• Een korte samenvatting van de methoden die je kunt aanpassen voor je eigen rapport

Let op: Ik verzorg de simulatie en analyse. Interpretatie en verslag van je eigen onderzoek blijven jouw verantwoordelijkheid. De lengte van de simulatie en de systeemgrootte hangen af van de rekenlimieten, dus stuur me eerst een bericht met je PDB-ID of bestand en ik bevestig de haalbaarheid.

Weet je niet welk pakket het beste past? Stuur me een bericht en ik adviseer je.