Ik analyseer RNA seq data met deseq2 en publicatieklare plots
Bioinformaticus Omics Data Analist
Over deze dienst
Op zoek naar RNA-seq analyse met duidelijke tabellen, grafieken en biologische interpretatie?
Ik analyseer bulk RNA-seq of genexpressie data voor onderzoek, scripties, manuscripten of biotech projecten. Ik kan werken vanaf FASTQ-bestanden, count matrices, expressietabellen en metadata-bestanden.
Diensten omvatten:
- RNA-seq QC en sample review
- Differentiale expressie analyse met DESeq2 of edgeR
- PCA, sample clustering, volcano plots en heatmaps
- GO, KEGG, Reactome of GSEA verrijking
- Schoon DEG-tabellen en samenvattingen van genexpressie
- Word/PDF rapport met duidelijke interpretatie
- R/Python of Linux workflow code indien nodig
Tools kunnen onder andere omvatten FastQC, MultiQC, STAR, HISAT2, Salmon, featureCounts, DESeq2, edgeR, clusterProfiler, ggplot2, R, Python en Linux.
Stuur me een bericht voordat je bestelt, zodat ik je sampleaantal, groepen, vergelijkingen, inputbestanden en het beste pakket voor jouw project kan bevestigen.
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke bestanden heb je nodig om te beginnen?
Ik heb FASTQ-bestanden, tellermatrix, metadata-bestand, samplegroepgegevens en de vergelijkingen die je wilt analyseren nodig.
Kun je ruwe FASTQ-bestanden analyseren?
Ja, ik kan ruwe FASTQ-bestanden analyseren met een volledige RNA-seq workflow, inclusief QC, uitlijning of kwantificatie, tellermatrix en downstream analyse.
Kun je alleen met een tellermatrix werken?
Ja, als je al een tellermatrix en metadata hebt, kan ik differentiële expressie-analyse, visualisatie, verrijking en rapportage uitvoeren.
Bied je publicatieklare plots aan?
Ja, ik kan PCA-plots, volcano-plots, heatmaps, staafdiagrammen, dot plots en pathway verrijkingsfiguren leveren.

