Ik doe bioinformatics rna seq dna seq analyse en variant calling

Heb je betrouwbare, publicatieklare bioinformatics analyse nodig? Je bent op de juiste plek.

Ik bied end-to-end NGS analyse voor RNA-Seq en DNA-Seq, inclusief volledige variant calling en annotatie, volgens GATK Best Practices en de huidige gold-standard tools.

RNA-Seq: kwaliteitscontrole, trimming, alignering (STAR / HISAT2 / Salmon), kwantificatie, differentiële expressie (DESeq2 / edgeR), en functionele verrijking (GO / KEGG / GSEA) met PCA, volcano plots en heatmaps.

DNA-Seq & Variant Analyse: alignering (BWA-MEM), duplicaatmarkering, BQSR, variant calling (GATK HaplotypeCaller / Mutect2 / DeepVariant / bcftools), plus annotatie (VEP / ANNOVAR / SnpEff) en gefilterde, geprioriteerde variant tabellen.

Je ontvangt schone, reproduceerbare resultaten: verwerkte bestanden, geannoteerde tabellen, hoge-resolutie figuren en een duidelijk methodesamenvatting die je direct in een paper of rapport kunt gebruiken.

Ik werk met menselijke, model- en niet-model organismen in germline- en somatische studies.

Nieuw project of niet zeker wat je nodig hebt? Stuur me eerst een bericht en ik maak een precies pipeline en geef een offerte voor jouw data.