Ik voer NGS data analyse uit
Over deze dienst
Ik bied professionele NGS data analyse diensten aan, gespecialiseerd in het omzetten van ruwe sequencing data (FASTQ) naar hoogwaardige variantresultaten (VCF).
Ik voer een volledige en betrouwbare pipeline uit met standaard bioinformatics tools.
Wat ik zal doen:
- FASTQ kwaliteitscontrole (FastQC, fastp)
- Sequentie alignment met BWA
- BAM verwerking met SAMtools
- Variant calling met GATK
- Schoon en reproduceerbaar VCF output
Wat je ontvangt:
- Verwerkte BAM-bestanden
- Definitief VCF-bestand
- Samenvatting van de uitgevoerde stappen
️ Belangrijk:
- Geschikt voor onderzoek en academische datasets
- Grote datasets kunnen extra tijd/bron vereisen
Neem gerust contact met me op voordat je een bestelling plaatst als je specifieke wensen hebt.
Technologie:
Jupyter-notitieboek
•
RStudio
Expertise:
Voorspelling
Programmeertaal:
Python
•
R
•
SQL
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke data heb je nodig?
FASTQ-bestanden en referentiegenoom (indien beschikbaar)
Kunt u overweg met grote datasets?
Ja, maar grote datasets kunnen extra tijd of resources vereisen.
Welke hulpmiddelen gebruik je?
BWA, SAMtools, GATK, FastQC en fastp.
Bied je interpretatie aan?
Basis interpretatie is inbegrepen in het premium pakket.
