Ik bouw een fylogenetische boom en analyseer je amr gen sequenties
Bioinformatics Analist, AMR en fylogenetica specialist
Over deze dienst
Heb je moeite om de evolutionaire relaties van je antimicrobial resistance (AMR) genen te visualiseren? Ik ben een masterstudent in Biochemie en Moleculaire Biologie met praktische ervaring in moleculaire diagnostiek voor de volksgezondheid. Ik combineer mijn diepgaande biologische kennis met geautomatiseerde bioinformatics pipelines om je publicatieklare fylogenetische analyse te bieden.
Wat ik voor je doe:
- Geautomatiseerde sequentieophaal van NCBI (of werk met jouw aangeleverde FASTA-bestanden).
- Meerdere sequentie-alignments met Clustal Omega.
- Constructie van een fylogenetische boom (Neighbor-Joining) met 100 bootstrap herhalingen.
- Een duidelijk, 1-pagina PDF-rapport met interpretatie van de biologische betekenis (bijvoorbeeld bewijs van horizontale genoverdracht of clonale expansie).
Waarom voor mij kiezen?
Ik klik niet alleen op knoppen in software. Ik schrijf Python-scripts (Biopython) die ervoor zorgen dat je analyse reproduceerbaar en snel is. Mijn achtergrond in wetenschappelijk laboratoriumwerk in Antibiotic Susceptibility Testing (AST) en PCR betekent dat ik de klinische context van je resistance genen begrijp, niet alleen de code.
Leveringen:
- Een hoge-resolutie boomafbeelding.
- Het uitgelijnde FASTA-bestand.
- Een PDF-rapport met volledige methodologie en interpretatie.
Programmeertaal:
Python
Technologie:
Jupyter-notitieboek
Type analyse:
statistische analyse
•
Voorspellende analyse
Expertise:
Algoritmes
•
Statistieken
•
Clusteranalyse
•
Overige
Tools:
Jamovi
•
Google Colab
•
Microsoft Excel

