Ik voer bioinformatics pipelines uit voor rnaseq en metagenomics

Of je nu een aangepaste RNA-Seq workflow nodig hebt, microbiële diversiteitsanalyse, of een multi-omics pipeline vanaf nul wilt bouwen, ik ontwerp reproduceerbare, schaalbare bioinformatics oplossingen die op jouw data zijn afgestemd. Met praktische ervaring in HPC en Linux bouw ik schone, goed gedocumenteerde workflows zodat jij je kunt richten op de wetenschap, niet op de code.

Wat ik voor jou kan doen: Van ruwe reads tot de uiteindelijke resultaten, ik verzorg de volledige pipeline inclusief kwaliteitscontrole, trimming, alignering, kwantificatie, differentiële expressie en visualisatie. Voor metagenomics dek ik taxonomische profiling, alpha/beta diversiteit en microbiële gemeenschap analyse.

Tools & Software: Ik werk met industry-standard tools zoals FastQC, Trimmomatic, HISAT2, DESeq2, STAR, QIIME2, Kraken2, Bash/Linux, SLURM en R om te zorgen dat jouw pipeline krachtig en reproduceerbaar is.

Waarom met mij samenwerken: Elke pipeline wordt geleverd met duidelijke documentatie en een README zodat jouw team deze kan onderhouden en hergebruiken. Scripts zijn geoptimaliseerd voor HPC-clusters, schaalbaar voor grote datasets en volledig reproduceerbaar. Of je nu een academisch onderzoeker bent, een biotech startup of een klinisch lab, ik lever resultaten waarop je kunt vertrouwen en verder bouwen.