Ik voer docken uit en geavanceerde moleculaire dynamica simulatie

Bent u op zoek naar deskundige diensten op het gebied van moleculaire dynamica (MD) simulatie en moleculaire docking voor uw onderzoeksproject, publicatie of geneesmiddelenontwikkeling? Dan bent u hier aan het juiste adres!

Met mijn diepgaande expertise in computationele biologie en chemie bied ik uitgebreide MD-simulaties en geavanceerde analyses aan met behulp van industriestandaard tools zoals GROMACS, AMBER, BIO3D en andere.

De diensten die ik aanbied:

Moleculaire docking:

• Eiwit-ligand docking
• Docking score-analyse
• Visualisatie van de bindingspositie

Moleculaire dynamica-simulatie (MDS): (Eiwit-ligand, Eiwit-eiwit, Eiwit-DNA/RNA)

• Volledige MD-pipeline
• Simulaties tot 2000 ns of langer met GROMACS.

Analyse na de behandeling:

• RMSD
• RMSF
• Rg
• SASA & Begraven SASA
• Waterstofbinding
• Eiwit-ligandafstand
• Analyse van de secundaire structuur
• Hoofdcomponentenanalyse (met Bio3D)
• FEL (Free Energy Landscape)
• DCCM
• stekelvarkenpercelen
• 3D gecorreleerde en anticorreleerde bewegingsnetwerken
• MMGBSA en MMPBSA
• Energieanalyse van de ontleding per residu
• MDS-video

Gebruikte tools en software:

GROMACS | AMBER | BIO3D | VMD | PyMOL | UCSF Chimera | AutoDock | MMGBSA/MMPBSA | MDAnalysis | Schrödinger | PyRx | BIOVIA Discovery Studio | XMGrace