Ik voer moleculaire docking en in silico drug analyse uit
Over deze dienst
Ik ben een biochemie-onderzoeker met gepubliceerde onderzoekservaring in computationele drug discovery, moleculaire docking, moleculaire dynamica simulaties en farmacokinetische analyse. Ik bied professionele in-silico drug discovery diensten aan voor onderzoekers, studenten en farmaceutische projecten.
Diensten die ik aanbied
Proteïne voorbereiding
- Proteïne structuur ophalen uit PDB
- Structuur reinigen en optimaliseren
- Proteïne zuiveren
- Identificatie van actieve site
Ligand voorbereiding
- Ligand ophalen uit PubChem, ChEMBL of door gebruiker aangeleverde structuren
- Conversie van formaat voor docking studies
Moleculaire docking
- Proteïne-ligand docking
- Binding affiniteit analyse
- Evaluatie van docking pose
- Identificatie van belangrijke interactie-residuen
Interactie analyse
- 2D interactie diagrammen
- Hydrogen bonding analyse
- Hydrofobe interacties
- Zoutbruggen en π-interacties
- Figuur van publicatiekwaliteit
Software & tools
- AutoDock
- AutoDock Vina
- Discovery Studio Visualizer
- PyMOL
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
V: Welke informatie heb je nodig om te beginnen?
A: Geef alsjeblieft het doelwit-eiwit (PDB ID of structuurbestand) en ligand(en) in SDF- of PDB-formaat. Als je deze bestanden niet hebt, kan ik je begeleiden.
Q: Welke software gebruik je voor moleculair docking?
Ik gebruik AutoDock, AutoDock Vina, Discovery Studio Visualizer, PyMOL en andere standaard bioinformatica tools.
V: Ontvang ik een gedetailleerd rapport?
A: Ja. Alle pakketten bevatten een rapport met docking scores, interactieanalyse en visualisaties.
Q: Kan je helpen met academische onderzoeksprojecten?
Ja. Ik kan MSc-, MPhil-, PhD- en onderzoeksprojecten ondersteunen die computationele medicijnontdekkingsanalyse vereisen.
Q: Zijn de resultaten geschikt voor publicatie?
De analyses volgen standaard computationele workflows; echter, geschiktheid voor publicatie hangt af van het algemene onderzoeksontwerp en de eisen van het tijdschrift.
Q: Bied je virtuele screening van meerdere verbindingen aan?
Ja. Neem contact met me op voordat je bestelt voor aangepaste projecten met grote bibliotheken van verbindingen.
Q: Wordt mijn data vertrouwelijk behandeld?
Absoluut. Alle bestanden, structuren en projectgegevens worden vertrouwelijk behandeld en nooit gedeeld met derden.

