Ik verwerk bulk rna seq fastq data en voer differentiële expressieanalyse uit
Bioinformatica en Sequencing Data Analyse
Over deze dienst
Bulk RNA-seq verwerking: 8 USD per sample.
Volumeprijzen per bestelling: 1-5 samples 8 USD elk; 6-19 7,20 USD; 20-49 6,40 USD; 50-99 5,60 USD; 100+ 4,80 USD. De hoogste korting die van toepassing is, geldt voor alle samples; niet stapelbaar.
Pakketten: 5 samples 40 USD; 25 samples 160 USD; 50 samples 280 USD. Stuur een bericht voor andere hoeveelheden en een aangepaste aanbieding. Fiverr koperkosten/belastingen zijn apart.
Workflow: FastQC/fastp, HISAT2, featureCounts, plus één DESeq2 contrast, PCA, volcano/heatmap en GO of GSEA wanneer het studieontwerp dat ondersteunt. Een enkel sample ondersteunt alleen upstream processing; differentiële analyse vereist biologische replicaten.
Mens, muis of rat; geschikt referentiegenoom vereist. Tot 30 miljoen read pairs per sample. Zelfde referentie en afgesproken workflow per bestelling. Leveringen: QC, tabellen, scripts/parameters, Engelse methoden README en één scope-fix revisie.
Stuur het aantal samples, assay, diepte, groepen en referentie voorafgaand aan de bestelling. Extra contrasts, speciale referenties en diepere data vereisen een aparte scope. Alleen geautoriseerde gegevensoverdracht. Alleen verwerking; geen standalone downloadservice. Onderzoeksgebruik; geen klinische interpretatie of gegarandeerde betekenis.
Programmeertaal:
R
Technologie:
Overige
Type analyse:
Kwantitatieve analyse
•
statistische analyse
Expertise:
Statistieken
•
Hypothese testen
Tools:
RStudio
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Wat moet ik sturen voordat ik bestel?
Stuur organism, assay, aantal monsters, aantal read-pairs, reference build en sample metadata met groepen en contrasts. Alle pakketten accepteren FASTQ. Differential analyse vereist een geschikt study design en biologische replicaten. Stem af op een geautoriseerde, veilige data-overdracht voordat je bestelt.
