Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik voer moleculair docking en virtuele screening uit voor drug discovery
Computational Chemist, Moleculaire Docking, GROMACS MD en QSAR ML
Hoi, ik ben Sareer Ahmad, een computational chemist en freelance cheminformaticus.
Ik heb een MSc in Fysische Chemie en werk als senior chemie leraar, naast het ontwikkelen van moleculaire docking, G...
Over deze dienst
Ik help onderzoekers, startups en studenten om een doelwit-eiwit en een set kandidaat verbindingen om te zetten in gerangschikte, verdedigbare binding voorspellingen.
Met AutoDock Vina voer ik structuurgebaseerd moleculair docking uit: eiwit- en ligandvoorbereiding, gridbox instellen rond de bindingsplaats, docking runs, en visualisatie van binding-pose in PyMOL. Voor grotere sets verbindingen voer ik batch virtuele screening uit en geef ik een gerangschikte tabel van binding-affiniteit terug zodat je kunt bepalen welke moleculen je experimenteel wilt onderzoeken.
Mijn achtergrond ligt in computationele en fysische chemie (MSc, Fysische Chemie), met praktische projectervaring in docking en moleculaire dynamica studies, inclusief een EGFR docking en MD workflow. Ik werk ook met GROMACS voor MD-validatie, zodat een docking resultaat kan worden gevolgd door een korte simulatie om pose-stabiliteit te controleren.
Wat je krijgt: een duidelijk overzicht van methoden, binding-pose afbeeldingen, een gerangschikte resultaten tabel voor multi-ligand opdrachten, en eerlijke communicatie - ik vertel je eerlijk of je target of ligand set een bekende beperking heeft in plaats van beloftes te doen dat docking alleen resultaten kan leveren.
Stuur me een bericht met je eiwit (PDB ID of structuurbestand) en ligand(en) voordat je bestelt.
Domein:
Machine learning
•
Overige
Expertise:
Voorspellende analyse
Programmeertaal:
Python
•
R
Tools:
Jupyter-notitieboek
Technologie:
Python
•
scikit-learn
•
Jupyter-notitieboek
Mijn portfolio
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke bestanden heb je van mij nodig om te beginnen?
Idealiter een eiwitstructuur (PDB ID of een .pdb bestand) en jouw ligand(en) als SMILES, .sdf, of .mol2 bestanden. Als je alleen een eiwitsequentie hebt, stuur me eerst een bericht en ik laat je weten of homology modellering nodig is.
Kan docking alleen bevestigen dat een verbinding werkt?
Nee, en ik zal je niet anders vertellen. Docking geeft een voorspelde binding-pose en score om je te helpen bij het prioriteren van kandidaten. Voor sterker bewijs voeg je de korte MD-validatie run van het Premium pakket toe om pose-stabiliteit te controleren.
