Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik voer GPU-versnelde moleculaire dynamica simulaties voor jou uit
Jouw expert in computational biology voor al je onderzoeksvragen
Hallo en welkom!
Ik ben een postgraduate in Biotechnologie met expertise in Computational Biology. Mijn ervaring omvat moleculaire docking, MD-simulaties, transcriptomics, biomarkerontdekking, eiwitm...
Over deze dienst
Welkom bij mijn Molecular Dynamics Simulation Gig!
Ik voer GPU-versnelde MD-simulaties uit voor onderzoekers, studenten en biotech-teams die betrouwbare simulatiegegevens nodig hebben zonder toegang tot high-performance computing-infrastructuur.
Wat ik aanbied:
- Volledig simulatieproces: Van ruwe PDB- of SMILES-invoer, ik verzorg systeemvoorbereiding, solvatatie, ionisatie, energie-minimalisatie, NVT/NPT-evacuatie en productie MD-runs.
- Software & forcefields: GROMACS en AMBER, met CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS en OPLS-AA. Eiwit-, nucleïnezuur-, RNA/eiwit-, membraan- en ligand-systemen worden allemaal behandeld.
- Post-simulatie analyse: RMSD, RMSF, Rg, H-bronnen, PCA, MM/PBSA, MM/GBSA en meer, afhankelijk van jouw pakket.
- Publicatieklare figuren: Hoogwaardige grafieken en moleculaire visualisaties met PyMOL, VMD en R/ggplot2.
- Aangepaste add-ons: Coarse-grained (CG) simulaties en QM/MM-analyse (ORCA-GROMACS) op aanvraag beschikbaar.
Neem contact met me op voordat je bestelt als je een groot systeem hebt of specifieke simulatie-eisen. Ik werk graag samen. Laten we samen je onderzoek vooruit helpen!
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke invoerbestanden moet ik aanleveren?
Een eiwitstructuurbestand (PDB of mmCIF) en, indien van toepassing, jouw ligand in SDF, MOL2 of SMILES-formaat. Als je alleen een UniProt ID of PDB-code hebt, kan ik de structuur zelf ophalen en voorbereiden.
Welke software en forcefields gebruik je?
GROMACS en AMBER. Forcefields: CHARMM36m, AMBER ff19SB, GROMOS96 en OPLS-AA. Watermodellen: TIP3P en SPC/E. Als je een specifieke wens hebt, vermeld dat dan vóór het bestellen.
Welke systeemtypes kun je simuleren?
Eiwit-ligand, eiwit-eiwit, RNA/DNA-eiwitcomplexen, membraan-eiwitten en standalone nucleïnezuursystemen. Voor ongewone systemen, neem eerst contact op om de haalbaarheid te bevestigen.
Hoe lang duurt mijn simulatie?
Hangt af van de systeemgrootte en de simulatieperiode. Een run van 100ns duurt meestal 2-3 dagen, 300ns 4-5 dagen en 500ns+ ongeveer 7 dagen.
Welke computing-infrastructuur gebruik je voor simulaties?
Ik voer simulaties uit op high-performance GPU-servers, inclusief RTX 4090 en RTX 5090 nodes. Op een 5090 draait een systeem met meer dan 100k atomen ongeveer 250-300ns/dag, wat snelle doorlooptijden garandeert zonder in te boeten aan kwaliteit.
Kun je coarse-grained of QM/MM simulaties uitvoeren?
Ja, beide zijn beschikbaar als aangepaste add-ons. CG-simulaties gebruiken het MARTINI forcefield. QM/MM wordt uitgevoerd via ORCA gekoppeld aan GROMACS. Neem contact op om scope en prijs te bespreken voordat je bestelt.
Zijn mijn gegevens vertrouwelijk?
Ja. Ik deel geen clientstructuren, sequences of resultaten met anderen, en ik ben bereid een NDA te ondertekenen indien nodig.
