Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik zal moleculaire docking en MD-simulatie uitvoeren
Bioinformatica en Computationele Biologie specialist
Heb je betrouwbare bioinformatica of computationele analyse nodig voor je onderzoek?
Ik ben een MS Bioinformatics onderzoeker aan NUST, gespecialiseerd in genomica, computationele drug discovery en b...
Over deze dienst
Op zoek naar betrouwbare moleculaire docking en moleculaire dynamica simulaties voor jouw drug discovery onderzoek?
Ik bied end-to-end computationele drug discovery analyse, van eiwit- en ligandvoorbereiding tot moleculaire docking, analyse van eiwit-ligand interacties en GROMACS moleculaire dynamica simulaties.
MIJN DIENSTEN ZIJN
- Eiwithen ligandvoorbereiding
- Moleculaire docking van eiwit en ligand
- Moleculaire docking met AutoDock Vina en gerelateerde tools
- Binding affinity en docking score analyse
- Evaluatie van docking pose
- 2D en 3D analyse van eiwit-ligand interacties
- Binding-site en interactie-residu analyse
- Virtueel screening van compound libraries
- Vergelijkende ligand ranking
- Drug-likeness analyse
- ADMET en toxiciteit voorspelling
- Moleculaire dynamica simulatie met GROMACS
- RMSD analyse
- RMSF analyse
- Radius of gyration (Rg)
- SASA analyse
- Hydrogen-bond analyse
- PCA en trajectanalyse indien nodig
- MM-PBSA binding free-energy analyse indien van toepassing
- Publicatieklare figuren en resultattabellen
TOOLS
GROMACS | AutoDock Vina | PyMOL | Chimera/ChimeraX | Discovery Studio | SwissADME | Python | gerelateerde computationele drug-discover
Type dienst:
Onderzoek
Taal:
Engels
Voorkeur voor een leveringsstijl
Laat het de freelancer weten als je voorkeuren voor of zorgen hebt over het gebruik van AI-tools voor het voltooien en/of leveren van je bestelling.
Academisch werk voor je laten uitvoeren is onethisch; het schendt de statuten en erecodes van de meeste scholen en universiteiten.
Freelancers vragen om huiswerk/academisch werk voor je te maken is tegen Fiverr's Communitystandaarden en kan ertoe leiden dat je account wordt uitgeschakeld.
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke informatie heb je nodig om te starten met moleculaire docking?
Gelieve de structuur van het target eiwit of PDB ID, ligandstructuren of naam/ID van verbindingen, je onderzoeksdoel en de verwachte binding site te verstrekken indien bekend. Als de binding site niet bekend is, vermeld dit dan voorafgaand aan de bestelling zodat het juiste workflow besproken kan worden.
Welke software gebruik je voor moleculaire docking?
Afhankelijk van het project kan ik AutoDock Vina en gerelateerde eiwit- en ligandvoorbereidingstools gebruiken. PyMOL, Chimera/ChimeraX, Discovery Studio en gerelateerde software kunnen worden gebruikt voor moleculaire visualisatie en interactieanalyse.
Voer je molecular dynamics simulaties uit?
Ja. Ik voer GROMACS-gebaseerde moleculaire dynamica simulaties uit met analyses zoals RMSD, RMSF, radius of gyration, SASA en waterstofbruggen. Extra trajectanalyses kunnen worden toegevoegd afhankelijk van het onderzoeksdoel.
Kun je 50 ns of 100 ns MD simulaties uitvoeren?
Ja. MD simulaties kunnen worden uitgevoerd voor verschillende duur afhankelijk van het moleculaire systeem en het studieobjectief. Neem vooraf contact met me op voordat je langere simulaties bestelt, zoals 100 ns of meer, zodat de computationele vereisten kunnen worden geëvalueerd.
Voer je MM-PBSA binding free-energy analyse uit?
Ja. MM-PBSA of gerelateerde binding free-energy analyses kunnen worden opgenomen waar passend voor het moleculaire systeem en de simulatieworkflow.
Kun je virtueel screening uitvoeren?
Ja. Ik kan virtueel screening uitvoeren tegen een target eiwit. Grote compound libraries moeten vooraf besproken worden omdat prijs en levering afhangen van het aantal verbindingen, targets en downstream analyses die nodig zijn.
