Ik doe genomics variant calling en genannotatie met behulp van gatk

Sommige informatie is automatisch vertaald.
Ali Naqvi

Pakistan

Ik spreek Urdu, Engels

Bioinformatics en Biomedical AI specialist

Ik ben een Bioinformatics & Biomedical AI specialist die nauwkeurige, reproduceerbare onderzoeksresultaten levert. - NGS, RNA-seq & WGS analyse - Single-cell RNA-seq — clustering, UMAP, trajecten - M...
Lees meer
Over deze dienst

Heb je genomische sequentiegegevens en heb je hulp nodig bij variantidentificatie of genannotatie? Ik voer duidelijke, goed gedocumenteerde genomics analyses uit en lever resultaten die je direct in je onderzoek of scriptie kunt gebruiken.


Wat ik aanbied:

  • DNA-sequentie kwaliteit controle en trimming (FastQC, Trimmomatic)
  • Aligneren op referentiegenoom (BWA, Bowtie2)
  • SNP en indel variant calling (GATK, bcftools)
  • Variant annotatie en filtering (SnpEff, ANNOVAR)
  • Gen vinden en functionele annotatie (Prokka, BLAST)
  • Manhattan plots, samenvattingstabellen van varianten, en geschreven rapport


Alle scripts (Python/Bash/R) zijn inbegrepen zodat jouw analyse volledig reproduceerbaar is. Ik werk met menselijke, plant- en microbielegebieden.


Stuur me je FASTQ- of VCF-bestanden en organismgegevens voordat je bestelt.

Lees meer
do genomics variant calling and gene annotation using gatk
Volledig scherm
do genomics variant calling and gene annotation using gatk