Ik verwerk en analyseer je genomics of vcf data met python

Heb je genomics data die verwerking, filtering of 

annotatie nodig heeft maar weet je niet waar te beginnen?

Ik bouw een betrouwbare bioinformatics pipeline om je 

VCF, BCF of GWAS data te verwerken met behulp van industry-standard tools en levert 

schone, geannoteerde, analyse-klare resultaten op.

Wat ik kan doen:

VCF/BCF-bestand verwerking en formaatconversie

Variant filtering op kwaliteit, diepte en allelfrequentie

SNP-annotatie met Ensembl VEP

PLINK-gebaseerde GWAS data verwerking

bcftools QC-statistieken en samenvattingsrapporten

Bestandsformaat conversies (VCF, BCF, PLINK, haps/sample)

Python automatisering van volledige pipeline workflows

Data visualisatie van variantdistributies en kwaliteitsmetingen

Wat je ontvangt:

Verwerkte, gefilterde outputbestanden

QC samenvattingsrapport

Python pipeline script (schoon, gecommentarieerd, herbruikbaar)

Duidelijke documentatie en gebruiksinstructies

Ik werk met bcftools, tabix, PLINK, Ensembl VEP en Python 

dezelfde tools die worden gebruikt in productie GWAS en genomics onderzoeks pipelines.

Neem contact met me op voordat je bestelt om je dataset en doelen te beschrijven.