Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik voer een gromacs moleculaire dynamica simulatie uit voor jouw eiwit
Bio-informatica en computationele chemie, vaccinontwerp, MD-simulatie, DFT
Ik help studenten en onderzoekers om duidelijke, verdedigbare resultaten te behalen bij vaccine-ontwerp, moleculaire dynamica simulaties, DFT-berekeningen en eiwitstructuurvoorspellingen — zonder het ...
Over deze dienst
Ik voer volledige moleculaire dynamica simulaties uit met GROMACS in een Linux-omgeving, inclusief energie-minimalisatie, NVT/NPT-evacuatie, productie-uitslag en post-simulatie structurele analyse met alle resultaten geplot en uitgelegd.
Ik kan je helpen met:
- Het voorbereiden en minimaliseren van je eiwitstructuur (PDB-bestand)
- Het uitvoeren van NVT- en NPT-evacuatie met temperatuur-/druk-/dichtheidsgrafieken
- Het uitvoeren van een productie-simulatie
- Het berekenen van RMSD (structurele stabiliteit over tijd)
- Het berekenen van RMSF (per-residu flexibiliteit)
- Het berekenen van radius of gyration (eiwit compactheid)
- Een schriftelijke samenvatting leveren waarin wordt uitgelegd wat de resultaten betekenen voor de stabiliteit van je eiwit
Ideaal voor studenten die een volledige MD-simulatie nodig hebben met juiste structurele analyse voor een scriptie, opdracht of onderzoeksproject, niet alleen ruwe output, maar een duidelijke uitleg van wat het laat zien.
Technologie:
Google Analytics
•
Google Data Studio
Type analyse:
Beschrijvende analyse
•
Voorspellende analyse
Expertise:
Voorspelling
•
waarschijnlijkheid
•
wiskunde
Programmeertaal:
Python
Mijn portfolio
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke bestandsformaten moet ik aanleveren?
Een PDB-bestand van je eiwitstructuur (of de ruwe sequentie als je die nog niet hebt — ik kan je helpen eerst een structuur te genereren).
Hoe lang duurt de productie simulatie?
Standaard runs zijn korte simulaties (geschikt voor eerste stabiliteitscontroles). Als je langere productie runs nodig hebt (meerdere nanoseconden), stuur me dan een bericht voordat je bestelt, zodat ik de levertijd en prijs nauwkeurig kan aangeven.
Welke software gebruik je?
GROMACS op Linux, met analyseplots gemaakt met Grace (xmgrace).
Zal ik de resultaten begrijpen als ik niet bekend ben met MD-simulaties?
Ja — elk pakket bevat een uitleg in eenvoudige taal over wat de plots en analyses betekenen voor de stabiliteit van je eiwit, niet alleen de ruwe bestanden.
