Ik analyseer scrna seq, spatial transcriptomics en ngs data

Ontvang publicatieklare NGS data-analyse van een ervaren bioinformaticus

Ik ben gespecialiseerd in Next-Generation Sequencing (NGS) data-analyse, met praktische ervaring in het leveren van resultaten voor peer-reviewed publicaties. Ik zet ruwe sequencing data om in duidelijke, publicatieklare biologische inzichten, ondersteund door sterke domeinkennis in experimentele biologie.

Diensten die ik aanbied:

• scRNA-Seq Analyse: End-to-end pipeline QC, dimensionaliteitsreductie (PCA/UMAP), clustering, celtype-annotatie en trajectinference (Seurat/Bioconductor)
• Spatial Transcriptomics: Integratie met scRNA-seq data, genexpressie mapping naar weefselmorfologie, ruimtelijke genidentificatie
• Bulk RNA-Seq: FastQC, alignering, differentiële expressie-analyse (DESeq2), functionele verrijking (GO/KEGG)
• Data Visualisatie: Hoogwaardige, publicatieklare figuren (heatmaps, volcano plots, aangepaste plots in ggplot2/ComplexHeatmap)

Tools & Technologieën:

Talen: R (Tidyverse, Bioconductor), Bash/Linux

Data Types: FASTQ, BAM, VCF, Count Matrices

Waarom met mij werken:

Methoden gebaseerd op actuele literatuur en academische strengheid

Schoon, reproduceerbare code met gedetailleerde analyse rapporten

Heldere communicatie en snelle doorlooptijd