Door categorieën bladeren
Ontdekken
Fiverr Pro
Nederlands
$
USD
Ik analyseer rnaseq data van ruwe reads tot functionele verrijking
Bioinformaticus en PhD-onderzoeker
Hoi! Ik heb een MSc in Bioinformatics en ben momenteel een PhD-student en onderzoeker toegewijd aan genomica en moleculaire biologie. Ik heb uitgebreide ervaring met het verwerken van grootschalige bi...
Over deze dienst
Welkom bij mijn Bioinformatics & RNA-Seq dienst!
Heb je een grondige, publicatieklare analyse nodig voor je Illumina RNA-Seq data? Als MSc in Bioinformatics en huidige PhD-student, bied ik end-to-end verwerking op maat van jouw onderzoek. Ik zet ruwe FASTQ-bestanden of count matrices om in duidelijke, reproduceerbare resultaten.
Wat ik aanbied:
- Quality Control: FastQC en read trimming.
- Alignering: Nauwkeurige mapping naar het referentiegenoom.
- Differentiële Expressie (DEGs): Statistische analyse met DESeq2.
- Functionele Verrijking: GO en KEGG paden via clusterProfiler.
- Publicatieklare Plots: Hoge-resolutie Heatmaps, Volcano Plots, PCA en netwerken.
Tools: R, Python en Bioconductor pakketten.
⭐ Waarom ik?
- Academische Nauwkeurigheid: Actieve onderzoeker die betrouwbare pipelines ontwikkelt.
- Reproduceerbaarheid: Schone scripts klaar voor jouw methodesectie.
- Biologisch Focus: Toegewijd aan jouw specifieke onderzoeksvraag.
️ BELANGRIJK: Stuur me VOOR je bestelt een bericht! We moeten je experimenteel ontwerp en samplegrootte bespreken om de beste op maat gemaakte aanbieding te garanderen. Laten we je paper publiceren!
Veelgestelde vragen
Automatische vertaling
Welke bestanden moet ik aanleveren om de opdracht te starten?
Dat hangt af van het gekozen pakket. Voor het Basispakket heb ik je ruwe sequencing reads (FASTQ-bestanden) nodig. Voor de Standaard en Premium pakketten, als je al de alignering hebt gedaan, kun je de ruwe count matrix (.csv, .tsv of .txt formaat) aanleveren.
Hoeveel samples zijn inbegrepen in de basisprijs?
De basisprijzen voor alle pakketten dekken een analyse van tot 6 samples (bijvoorbeeld 3 controle samples versus 3 behandelingssamples). Als je experimenteel ontwerp meer samples bevat, neem dan contact op voor een op maat gemaakte aanbieding, omdat de verwerkingstijd zal toenemen.
Kan je data van niet-model organismen analyseren?
Ja! Zolang er een geannoteerd referentiegenoom en een GTF/GFF-bestand beschikbaar zijn in openbare databases (zoals NCBI of Ensembl), kan ik de analyse uitvoeren. Neem vooraf contact op zodat ik de beschikbaarheid van het referentiegenoom voor jouw organisme kan verifiëren.
Ontvang ik de scripts die voor mijn analyse gebruikt zijn?
Ja! Als je het Premium pakket kiest, lever ik de schone, goed commentaar gevulde R- of Python-scripts die gebruikt zijn om je resultaten te genereren. Dit zorgt voor volledige transparantie en reproduceerbaarheid, zodat je gemakkelijk je methodesectie kunt schrijven.
Wat als ik een heel specifiek of sterk aangepaste plot voor mijn paper nodig heb?
Het Standaard en Premium pakket bevatten al hoogwaardige, standaard plots (zoals PCA, Volcano Plots en standaard Heatmaps). Als je echter een zeer specifieke of aangepaste figuur nodig hebt (zoals complexe interactienetwerken of specifieke thema's), kun je de "Extra Custom Plot" optie toevoegen.
Hoe stuur ik je mijn grote data bestanden (FASTQ)?
Fiverr heeft een limiet voor bestandsgrootte bij directe uploads. Voor grote sequencing bestanden kun je een beveiligde link delen via Google Drive, Dropbox, OneDrive of rechtstreeks vanaf sequencing servers/repositories (zoals SRA/ENA), en ik zal ze veilig downloaden.
