Ik doe single cell rna seq analyse

Ben je op zoek naar een betrouwbare, publicatieklare single-cell RNA-seq (scRNA-seq) analyse? Ik voer een volledige, reproduceerbare pipeline uit die gaat van ruwe tellingen tot publiceerbare figuren.

Ik ben een PhD-onderzoeker met peer-reviewed publicaties in Q3-Q4 SCI-tijdschriften en praktische ervaring met 10x Genomics scRNA-seq op menselijke, muis- en plantmonsters. Elk project wordt geleverd met versiebeheerde R- of Python-scripts, een geschreven methodenparagraaf en figuren die voldoen aan de figuurcontrole van tijdschriften (300+ dpi, vector tekst waar mogelijk).

Wat ik lever, van begin tot eind:

- Kwaliteitscontrole: cellen/genen filtering, doublet detectie, mitochondriën/ribosomaal filtering, voor/na QC-plotten

- Normalisatie en integratie: Seurat SCTransform of Scanpy normalisatie; Harmony, Seurat v5 of Scanorama voor multi-sample / batch

- Dimensionaliteitsreductie en clustering: PCA, UMAP/t-SNE, resolutie afstemmen met clustree

- Celtype-annotatie: marker-gebaseerd, plus referentie mapping met SingleR, Azimuth of CellTypist; plantannotatie via PlantPhoneDB of scPlantLLM

- Differentiale expressie: cluster markers en conditie versus conditie, met volcano / MA / heatmap / dotplot

- Geavanceerde analyses (Standaard & Premium): trajectinference