Ik maak een professionele notebook voor protein ligand moleculaire dynamica

Ben je op zoek naar een wetenschappelijk rigoureuze notebook voor moleculaire dynamica (MD) om je onderzoek te versnellen? Ik bied kant-en-klare protein-ligand MD-notebooks aan die zijn opgebouwd met industrienorm methoden, en die de hele pipeline dekken van ruwe bestanden tot publicatieklare analyse.

Wat is inbegrepen:

• Opgeloste systeem: Expliciete TIP3P-water met 0,15 M NaCl.
• Evenwicht: Energie-minimalisatie, NVT- en NPT-protocollen voor een stabiele start.
• Productie Traject: DCD-formaat compatibel met VMD, OVITO en PyMOL.
• Uitgebreide analyse: Een zes-paneel figuur (RMSD, RMSF, Rg, enz.) en volledige energielogs.
• Reproduceerbaarheid: Alle parameters opgeslagen in een configuratiebestand met eind-PDB structuren.

Wetenschappelijke normen:

• Force velden: AMBER ff14SB (Proteïne) & OpenFF Sage (Ligand).
• Ladingen: AM1-BCC kwantummechanische methode.
• Dynamica: Particle Mesh Ewald (PME) en Langevin Middle integrator (2 fs timestep).

Elke notebook is citeerbaar en bevat volledige literatuurverwijzingen. Stuur me een bericht met je Protein PDB ID en Ligand SMILES/SDF voordat je bestelt om compatibiliteit en levertijden te bevestigen. Vereenvoudig je workflow met een professioneel hulpmiddel dat is ontworpen voor peer-reviewed excellentie.