Ik zal moleculaire dynamica-trajectoires en eiwit-ligandcontacten analyseren

Ik analyseer bestaande moleculaire dynamica-trajectoires en geef duidelijke figuren en de achterliggende numerieke data terug.

De basis dekt één geleverd systeem tot 100 ns: matching-bestand controles, RMSD van eiwit en ligand, RMSF van residue, bewerkbare CSV-tabellen, figuren, analyse-scripts en een README met selectie, referentie en tijdvenster.

Lever alsjeblieft bijpassende trajectie-, topologie- en structuurbestanden, een systeembeschrijving en jouw onderzoeksvraag. Persistence van contacten, pockets-afstanden en vergelijkingen tussen systemen vallen onder een apart traject.

Voor een nieuw eiwit-kleine-molecuul simulatie, stuur het eiwit- of gen-ID, soort en naam van het verbinding of SMILES. Structuurvoorbereiding, parameterkeuze, een pilot van 10 ns en langere cloud-runs kunnen apart worden gequoteerd na controle van het systeem en de rekeneisen.

Stuur me een bericht voordat je bestelt om compatibiliteit van bestanden en scope te bevestigen. Schriftelijke communicatie is welkom. Ik gebruik AI-ondersteunde codering en controleer de code en outputs; geef je data-handling beperkingen door voordat je bestanden deelt.