Ik voer moleculaire dynamica simulatie uit en analyseer

"Heb je betrouwbare moleculaire dynamica MD-simulatie nodig voor je eiwit of eiwit-ligand complex? Ik bied onderzoekskwaliteit MD-simulatie en analyse met GROMACS, waarmee onderzoekers en studenten de structurele stabiliteit en bindingsgedrag in de loop van de tijd kunnen valideren.

Wat ik aanbied: MD-simulaties van eiwitten of eiwit-ligand complexen met systeemopzet, energie-minimalisatie, equilibratie en productie-uitvoeringen. Na-simulatie analyse omvat RMSD, RMSF, radius of gyration, waterstofbruggen analyse en optionele MM-PBSA/GBSA binding free energy berekeningen.

Tools: GROMACS, VMD, PyMOL, Xmgrace voor plotting.

Je ontvangt: Een gedetailleerd PDF-rapport met alle analyseplots, ruwe traject- / uitvoerbestanden en een duidelijke samenvatting van de bevindingen over structurele stabiliteit.

Waarom ik: Praktijkervaring in het volledige computationele proces van docking tot MD en vrije energieanalyse, zodat ik begrijp hoe jouw simulatie-resultaten passen in het grotere geheel van je project.

Zorg dat je klaar hebt: Je eiwitstructuur (PDB-bestand) en, indien van toepassing, ligandstructuur (PDB/MOL2/SDF). Laat me weten hoe lang je de simulatie wilt of vertrouw op mijn aanbeveling.

Stuur me je systeemgegevens voor een op maat gemaakte offerte, laten we je simulatie starten